计算机应用技术是我校重点学科，具有硕士学位授予权。该专业设有图像处理与模式识别，信息安全理论与技术，机器学习与应用，软件开发方法与技术，分布计算与网络技术，智能处理与数字农业等研究方向。本专业拥有教授5人、副教授11 人，有4个研究所（信息安全研究所、计算机智能控制研究所、计算机软件研究所，工程研究所），2个省级中心（江苏省网络监控工程中心、江苏省计算机基础教学实验中心）。本专业与爱尔兰都柏林理工学院合作，学生第二年可以到都柏林理工学院从事科学研究实践一年，修满规定学分，完成毕业论文并通过答辩后，将同时由南京信息工程大学和都柏林理工学院授予硕士学位。
本专业学制3年。主要课程有：高级计算机系统结构、现代计算机网络、算法分析与设计、高级人工智能、数据库理论与方法、现代软件工程、图像处理与模式识别、并行与分布式计算、现代通信技术、Web数据挖掘、信息安全技术、嵌入式系统原理与应用等。毕业生可在科研院所、高等学校、企事业单位、技术和行政管理部门从事计算机教学、科学研究和工程应用等工作。