佳木斯大学基础医学院始于1947年，是大学历史最长、规模最大、教学层次最高的学院之一，在校生1500名。学院有5个硕士研究生点。几年来，共培养出近300名优秀研究生。
基础医学院有医用生物学、系统解剖学、局部解剖学、解剖学实验室、组织胚胎学、生理学、生物化学、生化、预防实验室、寄生虫学、微生物学、病理解剖学、病理生理学、免疫学、预防医学、药理学、机能实验室、实验中心，17个教研室、实验室。承担着临床医学、口腔医学、医学检验三个省级重点专业的专业基础课，同时承担着药学、康复医学、口腔整容学、口腔修复学、成人教育、省级继续教育等专业的专业基础课。
基础医学院有校级研究室、院级研究室，承担着国家、省级课题10余项，校级科研20余项。每年在各级报刊杂志发表文章30余篇。