2007年11月7日，中国科学院软件研究所成立了中国科学院软件研究所重庆分部暨基础软件国家工程研究中心重庆分中心。
软件所重庆分部和基础软件国家工程研究中心重庆分中心，与重庆市当地企业、高校、研究院所紧密合作，在软件产业发展战略、规划、政策法规等重大课题的研究，重大研究、开发和应用项目的规划、设计和实施，具有自主知识产权的产品研发、科技成果转化与推广，软件人才的培养等方面进行广泛的合作，提供满足用户需求的优质软件产品和服务，形成从知识创新、技术创新、产品创新到市场创新、服务创新的产业链条，推动重庆市软件产业发展步入快车道，力争将重庆打造成为中国中西部地区辐射性强、创新能力高、有效促进区域高技术产业发展的国家级软件研发基地。