中国科学院软件研究所哈尔滨分部暨基础软件国家工程研究中心哈尔滨分中心于2008年6月16日成立，是软件所在东北的首个分支机构，也是软件所在全国的第三家分部。
哈尔滨分部和基础软件国家工程研究中心哈尔滨分中心，与黑龙江省政府、哈尔滨市政府、企业、高校及科研院所密切合作，一方面以安全移动操作系统、嵌入式软件与系统为主线，发展具有自主知识产权的基础软件产品及服务，为用户提供从系统软件到嵌入式软件、应用软件等的全方位解决方案，致力于提升东北地区的基础软件实力和信息安全技术水平；另一方面，通过参与哈尔滨市及黑龙江省的软件产业发展规划，组织重大科研项目实施，牵头成立软件产业联合体，培养地区软件人才等方式，带动哈尔滨及东北地区的软件产业发展，促进“政、产、学、研、用”的紧密结合。