计算机科学实验室成立于1993年，1994年由中国科学院批准成为中国科学院开放实验室，2001年改名为中国科学院重点实验室。在2002年全国信息领域重点实验室评估中，计算机科学实验室被评为优秀实验室。2005年经科技部批准开始进行国家重点实验室建设，2007年完成建设并通过验收。计算机科学国家重点实验室以国内外计算机科学技术领域提出的基本问题为背景，面向国家发展软件产业和国家安全的战略需求，开展计算机科学理论和软件基础研究。
实验室有多位我国计算机软件科学事业的奠基人和开拓者。实验室成员曾获国家自然科学奖一等奖一项、国家自然科学奖二等奖两项、国家科技进步奖二等奖一项。实验室现有研究人员23人，其中中国科学院院士3人，博士生导师14人，55岁以下的研究人员均有博士学位，形成了一个以中青年为主体、思想活跃、充满朝气的群体。在中科院和软件所的领导与支持下，实验室全体成员共同努力，在科学研究和队伍建设方面做了大量的工作，承担了多项国家和科学院的重大重点项目。
实验室坚持把研究的质量和水平放在首位，自觉抵制急功近利、浮躁虚夸的不良风气，同时提倡学术民主，鼓励不同学术观点的竞争与融合。实验室积极开展各种形式的学术交流和与国内外同行的合作。近年来实验室多次主办、承办国际会议。实验室积极邀请国内外知名学者来访进行学术交流，其中包括图灵奖获得者Robin Millner、Tony Hoare、Amir Pnueli、姚期智等教授。实验室成员也积极出访，参加国际、国内的学术会议，在国内外学术机构举行报告会，开展交流。实验室专门设立了开放课题基金，欢迎国内外同行申请，与实验室成员开展合作研究。
主要研究方向：
1. 并发和实时系统的理论与应用
（1）并发与实时系统的形式理论和分析方法
（2）模型检测的理论、技术与应用
（3）计算的数学理论与新型计算模型
2. 软件技术原理
（1）软件形式描述与检测
（2）程序测试与验证
（3）软件开发理论与方法
3. 计算机图形学
（1）真实感图形绘制
（2）可视化理论与技术
（3）虚拟现实
（4）数字几何处理