信息系统室主要职责是为业务预报和科研提供辅助技术支撑和科技文献服务，负责观测布局设计与规划。
具体职责包括负责海洋和气象预报技术平台的研发和维护，为业务化预报提供辅助技术支持；负责海洋观测布局设计与规划；负责卫星海洋遥感反演技术研究及地理信息系统（GIS）在海洋预警报中的应用等研究；负责跟踪、收集国内外有关海洋和气象预报产品及技术研究发展动态；负责海洋预报标准和规范及政策研究；建设、管理和维护预报产品共享平台，提供科技文献和科技信息服务；负责实时和延时数据库建设、管理及维护，提供数据资料支持服务；负责建立海洋灾害和预报基础资料数据库及信息系统；负责管理历史数据资料和档案，各类海洋和气象历史图集、文献、资料的数字化处理；承担《海洋预报》期刊的编辑、出版、发行，各类期刊、报纸、杂志的订阅和服务；承办中心领导交办的其它事宜。
信息系统室下设4个组：技术平台开发组（简称平台组）、科技信息组（简称信息组）、编辑组和数据库组。