污染物生态效应与环境安全研究创新基地重点研究方向：
污染物形态学、反应动力学与环境危害效应的相关理论，种群、细胞、分子水平污染物迁移、转化、蓄积、降解及毒理学，污染物环境危害、解析模型及环境安全性风险评估理论与方法，危险化学品与污染物测试技术与方法，重大环境灾难、环境突发性重大事件和新型环境污染物的健康和生态风险，以及环境风险评价指标体系、评价模型和污染控制技术。
全球气候变化的环境影响研究创新基地重点研究方向：
气候变化对社会经济领域和生态系统影响综合评估，我国温室气体源现状及清淡研究，温室气体减排政策，污染物排放对气候变化反馈机理，全球与区域气候变化数值模拟，气候变化对区域环境影响及动态预测，气候变化对重大工程及自然灾害的影响与评估，减缓和适应气候变化的技术，环境管理对策及气候变化影响国际合作与技术交流。
土壤污染与控制研究创新基地
重点研究方向：
区域土壤环境质量调查、污染源识别与监控，土壤有机、无机污染物的环境过程与迁移、转化机理，土壤污染物的环境影响分析与风险评价，土壤及场地污染控制基准、标准与法律法规体系研究，污染土壤及受污染场地生态修复与环境管理对策等。
环境污染与健康研究创新基地
重点研究方向：
（1）污染物对人体健康损害的基准和标准；
（2）环境污染物对人体健康影响的风险评价；
（3）环境污染物对人体健康影响的管理技术；
（4）环境污染物的健康损害机制。
目前已在环境污染物的风险评估、暴露评价等方面形成一定的优势。