中国科学院南京地理与湖泊研究所是全国唯一以湖泊-流域系统为主要研究对象的综合研究机构。研究所设有自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统和环境科学等4个学科博士研究生培养点以及自然地理学、人文地理学、地图学与地理信息系统、环境科学、环境工程和建筑与土木工程等6个学科、领域专业硕士研究生培养点，并设有“地理学”博士后流动站。下面是该研究所硕士导师介绍汇总：
| 姚书春 | 张路 | 苏伟忠 | 张恩楼 | 许崇育 |
| 史小丽 | 潘继征 | 黄文钰 | 李艳玲 | 李世杰 |
| 胡春华 | 钟继承 | 许刚 | 刘恩峰 | 张奇 |
| 丁士明 | 邓建才 | 陈江龙 | 朱青 | 薛滨 |
| 冯慕华 | 苏雅玲 | 肖霞云 | 孙占东 | 姜加虎 |
| 陈非洲 | 段洪涛 | 万荣荣 | 王晓龙 | 于革 |
| 陈开宁 | 何隆华 | 赖锡军 | 刘健 | 羊向东 |
| 龚志军 | 刘晓玫 | 徐力刚 | 刘兴起 | 沈吉 |
| 罗潋葱 | 赵海霞 | 许朋柱 | 吴敬禄 |