南京航空航天大学理学院数学学科设有数学一级学科博士点，涵盖基础数学、计算数学、应用数学、运筹学与控制论和概率统计5个二级学科博士点和硕士点，并有系统科学一级学科硕士点。应用物理系拥有物理学博士后科研流动站、光学工程一级学科和凝聚态物理二级学科博士点，以及物理学一级学科、光学工程一级学科、物理电子学二级学科硕士点和工程硕士光学工程专业学位授予权。其中物理学一级学科点涵盖理论物理、粒子物理与核物理、原子与分子物理、等离子物理、凝聚态物理、声学、光学、无线电物理等8个二级学科。现将南京航空航天大学理学院硕士导师介绍汇总如下：
| 林玮 | 樊济宇 | 牛志平 | 胡冬生 | 阎志军 |
| 张卫纯 | 马海霞 | 王吉明 | 兰秀风 | 刘曙娥 |
| 张永梅 | 尹小刚 | 罗建 | 王东生 | 杜朝玲 |
| 周涛 | 潘风明 | 朱陈平 | 杨雁南 | 丁长庚 |
| 吴平 | 董建平 | 周良强 | 龚荣芳 | 崔庆 |
| 曹峰 | 刘皞 | 许克祥 | 郭雨珍 | 王正盛 |
| 马儒宁 | 朱君 | 肖光世 | 李晋斌 | 孟彬 |
| 王泽军 | 刘文忠 | 陈克兵 | 蒋辉 | 蒋建林 |
| 王春武 | 殷洪友 | 安玉坤 | 唐月红 | 耿显民 |
| 朱岩 | 时阳光 |