侯润宇，1945年生于昆明，七岁学习钢琴，1957年进入上海音乐学院附属中学，1959年在第一届“上海之春”音乐会上担任钢琴独奏，1964年直升入上海音乐学院、1969年毕业于该学院指挥系。1977年侯润宇任上海交响乐团常任指挥，1980年任上海芭蕾舞团客席指挥。
1981年10月，经选拔，他获得奖学金前往联邦德国科隆音乐学院留学，师从沃尔克•瓦恩海姆(Volker Wangen Heim)教授和娣妮•威尔兹(Tiny Wirtz)教授深造，分别攻读指挥和钢琴专业。
1984年2月，侯润宇以优异成绩通过了科隆音乐学院的“艺术家考试”，此后，他又在法兰克福歌剧院随音乐总监米歇尔•基伦(Michael Gielen)实习。
留学期间，他曾于1983年获科隆市瓦格纳协会颁发的奖学金，在拜罗伊特市参加瓦格纳歌剧节，同时，随著名指挥家索尔蒂(George Solti)学习，同年8月在奥地利萨尔茨堡莫扎特音乐学院参加著名钢琴家韦森贝格领导的大师班。
1985年5月，他在德国科布伦茨参加由莱茵管弦乐团举办的第一届国际指挥工作周，并指挥该乐团举行音乐会。
1985年11月，侯润宇结束学业回国，任上海交响乐团副团长，上海交响乐团副总监，常任指挥、首席指挥。
1987年2月侯润宇在香港指挥上海交响乐团演出，盛获赞誉。他曾担任中国中央乐团、中国广播交响乐团、中国电影乐团、上海歌剧院及香港管弦乐团客席指挥，并在德国、法国、意大利、瑞士、西班牙、奥地利、南斯拉夫、瑞典、比利时、日本及美国指挥。
1990年侯润宇作为上海交响乐团首席指挥率团访问美国，在美国巡回演出16场，其中尤其是在举世闻名的纽约卡内基音乐厅的成功演出，深获好评。
1992年，侯润宇随上海交响乐团访欧，在著名的莱比锡格万德豪斯音乐厅成功地举行了音乐会。
近年来，他曾任德国西南广播乐团、纽伦堡交响乐团、匈牙利交响乐团、以及比利时列日交响乐团客席指挥。自1987年起，侯润宇被剑桥国际传记中心编入世界名人录，1988年被接收为德国科隆“瓦格纳”协会名誉会员。
2002年9月任厦门市音乐学校校长，同年被聘为上海华东师范大学终身教授。
2004年9月被任命为上海华东师范大学艺术学院院长、博士生导师。
2005年7月被聘为上海爱乐乐团副音乐总监和常任指挥。