硕士生导师，副研究员
E-Mail：songshh@big.ac.cn
研究领域：遗传学基因组学生物信息学计算机科学
学习经历：
1999年9月-2003年7月山西师范大学生物学专业理学学士2003年9月-2008年1月中国科学院北京基因组研究所生物信息学专业遗传学博士
工作经历：
2008年4月-2010年12月中国科学院北京基因组研究所助理研究员
2010年12月-至今中国科学院北京基因组研究所副研究员
研究方向：
（1）RNA组学的生物信息方法研究，即基于高通量测序数据分析算法、相关应用软件及数据库的研发；
（2）水稻杂种优势的分子机理研究，主要通过大规模组学数据的分析，从转录调控水平系统研究水稻杂种优势的分子机理。
近期主要学术成果： 1.SongS,QuH,ChenC,HuS,YuJ:Differentialgeneexpressioninanelitehybridricecultivar(Oryzasativa,L)anditsparentallinesbasedonSAGEdata.BMCPlantBiol2007,7:49.IF:3.847
2.SongS,HuangY,WangX,WeiG,QuH,WangW,GeX,HuS,LiuG,LiangYetal:HRGD:adatabaseforminingpotentialheterosis-relatedgenesinplants.PlantMolBiol2008.IF:3.23
3.WangW,MengB,GeX,SongS,YangY,YuX,WangL,HuS,LiuS,YuJ:Proteomicprofilingofriceembryosfromahybridricecultivaranditsparentallines.Proteomics2008,8(22):4808-4821.IF:5.479
4.GeX,ChenW,SongS,WangW,HuS,YuJ:Transcriptomicprofilingofmatureembryofromanelitesuper-hybridriceLYP9anditsparentallines.BMCPlantBiol2008,8:20.IF:3.23
5.ZhuJ,HeF,SongS,WangJ,YuJ:Howmanyhumangenescanbedefinedashousekeepingwithcurrentexpressiondata?BMCGenomics2008,9:11.IF:4.18
6.ZhaoD*,SongS*,WangQ,ZhangX,HuS,ChenL:Discoveryofimmune-relatedgenesinChinesemittencrab(Eriocheirsinensis)byexpressedsequencetaganalysisofhaemocytes.Aquaculture2009,287(3-4):297-303.IF:1.735
7.XuX*,SongS*,WangQ,QinF,LiuK,ZhangX,HuS,ZhaoY:AnalysisandcomparisonofasetofexpressedsequencetagsoftheparthenogeneticwaterfleaDaphniacarinata.MolGenetGenomics2009,282(2):197-203.IF：2.838
8.YangM.,SongS.,LiuG.,ChenK.,TianX.,ZhaoZ.,HuS.,YuJ.AcomprehensiveanalysisofproteinphosphatasesinriceandArabidopsis.PlantSystEvol.2010,289:111–126IF:1.41
9.Hao,Y.,Huang,D.,Guo,H.,Xiao,M.,An,H.,Zhao,L.,Zuo,F.,Zhang,B.,Hu,S.,Song,S.etal.2010.CompleteGenomeSequenceofBifidobacteriumlongumsubsp.longumBBMN68,aNewStrainfromaHealthyChineseCentenarian.JournalofBacteriology193(3):787-788.IF:3.94
10.Liu,W.,Huang,D.,Liu,K.,Hu,S.,Yu,J.,Gao,G.,andSong,S.2010.Discovery,IdentificationandComparativeAnalysisofNon-SpecificLipidTransferProtein(nsLtp)FamilyinSolanaceae.Genomics,Proteomics&Bioinformatics8(4):229-237.（通讯作者）
11.Zhao,W.,Liu,W.,Tian,D.,Tang,B.,Wang,Y.,Yu,C.,Li,R.,Ling,Y.,Wu,J.,Song,S.etal.2011.wapRNA:aweb-basedapplicationfortheprocessingofRNAsequences.Bioinformatics27(21):3076-3077.IF：4.877（通讯作者）
12.Yuan,J.,Liu,W.,Sun,M.,Song,S.,Cai,J.,andHu,S.2011.CompleteGenomeSequenceofthePathogenicBacteriumRiemerellaanatipestiferStrainRA-GD.JournalofBacteriology193(11):2896-2897.IF:3.94
13.Liu,W.,Zhao,Y.,Cui,P.,Lin,Q.,Ding,F.,Xin,C.,Tan,X.,Song,S.,YuJ.,andHu,S.,2011.ThousandsofNovelTranscriptsIdentifiedinMouseCerebrum,Testis,andESCellsBasedonribo-minusRNASequencing.FrontGenet2:93.
14.CuiP,LiuW,ZhaoY,LinQ,DingF,XinC,GengJ,SongS,SunF,HuS,YuJ.2012.TheAssociationBetweenH3K4me3andAntisenseTranscription.GenomicsProteomicsBioinformatics.Apr;10(2):74-81.
15.PengCui,WanfeiLiu,YuhuiZhao,QiangLin,DaoyongZhang,FengDing,ChengqiXin,ZhangZhang,ShuhuiSong,FanglinSun,JunYu,SongnianHu.2012.ComparativeAnalysesofH3K4andH3K27TrimethylationsBetweentheMouseCerebrumandTestis.GenomicsProteomicsBioinformatics.Apr;10(2):82-93.
16.Ma,Jun-Yu,Li,Mo,Ge,Zhao-Jia,Luo,Yibo,Ou,Xiang-Hong,Song,Shuhui,Tian,Dongmei,Yang,Jin,Zhang,Bing,Ou-Yang,Ying-Chun,Hou,Yi,Liu,Zhonghua,HeideSchatten4,SunQing-YuanWholeTranscriptomeAnalysisoftheEffectsofTypeIDiabetesonMouseOocytesPlosOne,7(7),2012/7/24.IF:4.092
17.JunhuaJin1,BingZhang2,HuiyuanGuo1,3,JianyunCui1,LuJiang1,4,ShuhuiSong2,MinSun2,FazhengRen1,4*MechanismAnalysisofAcidToleranceResponseofBifidobacteriumlongumsubsp.longumBBMN68byGeneExpressionProfileUsingRNA-SequencingIF:4.092
18.PengSun1,ShuhuiSong2,LiliZhou1,BingZhang2,JianjunQi1andXianenLi1,*TranscriptomeAnalysisRevealsPutativeGenesInvolvedinIridoidBiosynthesisinRehmanniaglutinosaInt.J.Mol.Sci.2012,13(10),13748-13763;doi:10.3390/ijms131013748IF：2.598
19.ZhengG,DahlJA,NiuY,FedorcsakP,HuangCM,LiCJ,V?gb?CB,ShiY,WangWL,SongSH,LuZ,BosmansRP,DaiQ,HaoYJ,YangX,ZhaoWM,TongWM,WangXJ,BogdanF,FuruK,FuY,JiaG,ZhaoX,LiuJ,KrokanHE,KlunglandA,YangYG,HeCALKBH5IsaMammalianRNADemethylasethatImpactsRNAMetabolismandMouseFertilityMolCell.2013Jan10;49(1):18-29.doi:10.1016/j.molcel.2012.10.015.Epub2012Nov21.IF：14.17820.YuliLi,ShuhuiSong,CuipingLi,JunYuMeRIP-PF:AnEasy-to-usePipelineforHigh-resolutionPeak-findinginMeRIP-SeqGPB2013Feb;11(1):72-5.doi:10.1016/j.gpb.2013.01.002.Epub2013Jan
20.软件著作权2012SR0832，wapRNA：基于高通量测序的在线RNA分析软件
项目：
1.国家自然基金委，30900831，基于杂种优势潜在相关基因数据库的基因调控网络的构建与比较分析，2010-2012,已结题，项目负责人；
2.973项目，重要热带作物木薯品种改良的基础研究，2010-2014，在研，学术骨干；
3.国家自然基金委，31271372，水稻5-羟甲基胞嘧啶表观遗传调控的研究，2013-2016，在研，项目负责人；
4.北京市科技新星，Z121105002512060，超级杂交稻5羟甲基表观遗传的研究，2013-2015，在研，项目负责人；
5.中科院院地合作项目，基于高通量转录组测序技术的肉苁蓉基因库的建立及快速检测系统的研发，2013-2015，在研，项目负责人。