水生生物学是以水环境中生存的动物、植物和微生物为研究对象，主要研究生物对水环境的适应类型和适应机制，研究内容除包括形态结构、分类区系以外，更侧重于生理生化、遗传变异和生态及行为等方面的研究；水生生物学的主要相关学科有：生态学、生理学、动物学、植物学、微生物学、遗传学、细胞学、生物化学与分子生物学、鱼类营养学，水产养殖学和环境生物学等。我院本专业成立了突出研究特色的“进化生理与行为学实验室”，该专业在鱼类生理生态学领域所取得的研究成果在国际上已开始形成特色并产生了积极的影响。
本硕士点包含以下几个主要研究方向：
1．鱼类生态学与行为学：主要研究各种水环境条件下，不同鱼类的生存适应方式和对策，揭示鱼类种间和种内相互关系的行为特征及生态学意义。
2．鱼类比较生理生化：通过分析比较体内代谢的生理过程和生化指标，研究各种鱼类功能特征的生物化学机制，阐释动物演化适应的生理生化基础3．水生动物营养学：研究水生动物的营养需求和利用机制，通过对不同营养源的效应分析，为水生动物人工饵料的合理配制提供科学依据和基础资料。