南通大学政治学院的前身是南通师范学院法政经管系（南通师范学院政教系、历史系与南通教育学院政史系合并组建）、南通工学院社会科学部、南通医学院社会科学部。1984年开始招收思想政治教育专科专业，1996年开始招收思想政治教育本科专业，为全省输送了1000多名思想政治教育的专门人才。现有马克思主义基本原理、思想政治教育2个二级学科硕士点，1个思想政治教育（师范）本科专业。在校全日制本科生164人、研究生72人。
政治学院设有思想政治教育系及马克思主义基本原理、当代中国化马克思主义、思想品德修养、法学、中国近现代史、廉政文化、形势与政策7个教研室。建有“当代中国马克思主义研究所”、“江海公民道德研究所”、“国学研究所”、“农业发展研究所”等4个校级研究机构，学院承办《苏东论坛》学术刊物。“南通廉政文化研究所”挂靠本院。
政治学院现有教职工63人，其中教授11人，副教授20人，博士和在读博士17人，硕士38人。2位老师入选南通市第四期“226高层次人才培养工程”，1位老师入选江苏省第四期“333高层次人才培养工程”。
近5年来，先后承担省部级及以上研究项目12个，市厅级研究项目35个，出版专著18部，公开发表学术论文460篇，其中在CSSCI发表299篇。获得省部级和市级政府科研成果奖21项。
思想政治教育专业为江苏省特色专业，“毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论”为江苏省精品课程。“马克思主义理论”为江苏省重点学科建设点。政治学院坚持以学生为本，在抓好专业理论教学的同时，充分利用学院的实习基地，积极培育实践育人的长效机制，开拓学生“知识一智慧一德性”生成空间，致力于把学生培养成基础厚、素质高、能力强，适应社会需要的专门人才。近年来，学院十分注重学风建设，考研升学率不断提高，从2010年的17%提升到2012年的31%，名列全校第一。学生政治素质好，专业水平高，综合能力强，深受社会欢迎，就业率达到98％以上。
学院继续教育设有思想政治教育（专升本）专业、思想政治教育硕士研究生学位班，服务于中学政治教师的师资培训和各类学校、党政机关、企事业单位人员学历、学位的提升。