水利水电工程学科主要研究水电站水力学、枢纽通航理论及应用、水利水电系统规划、水利水电工程建筑物、水电站过渡过程。我国西南山区河流纵横，坡陡流急,水利资源十分丰富，研究和解决水利水电工程中的关键技术问题，对于开发水电可再生清洁能源和实现西部地区可持续发展具有重要意义。
我校水利水电工程学科，拥有一支较高学术水平的师资队伍，具有水利水运工程重庆市重点实验室等支撑平台。现有教授7人，副教授11人，博士5人。
近年来，该学科先后完成了多项国家、省部级和地方重大科研课题，获得国家级奖1项、省部级奖6项。在水电站水力学、枢纽通航理论及应用等方面部分成果处于国际先进水平。