以下是南京大学各学院2013年硕士研究生招生专业目录及参考书目汇总：
| 哲学系 | 商学院 | 法学院 | 政府管理学院 |
| 社会学院 | 文学院 | 外国语学院 | 历史学系 |
| 新闻传播学院 | 教育研究院 | 国际关系研究院 | 现代工程与应用科学学院 |
| 工程管理学院 | 物理学院 | 体育科学研究所 | 中美文化研究中心 |
| 文化艺术教育中心 | 海外教育学院 | 数学系 | 美术研究院、雕塑艺术研究所 |
| 电子科学与工程学院 | 化学化工学院 | 环境学院 | 天文与空间科学学院 |
| 大气科学学院 | 生命科学院 | 模式动物研究所 | 地理与海洋科学学院 |
| 计算机科学与技术系 | 医学院 | 建筑与城市规划学院 | 地球科学与工程学院 |
| 信息管理学院 | 软件学院 |