中国少数民族语言文学（突厥语族）
中国少数民族语言文学是我院的重点学科，也是特色学科。本专业下设两个研究方向：
一、哈萨克语言与双语教育及双语对比研究 伊犁哈萨克自治州是一个多民族、多语言、多文化的地区，境内有40多个民族，其中世居民族就有13个。我院进行哈萨克语言与双语教育及双语对比研究，具有得天独厚的地缘优势。在二十多年的教学研究中，我院已经取得了一系列的成果，并在某些方面形成了自己的研究优势。学科带头人武金峰教授出版专著一部，承担国家级、自治区级课题多项，乌鲁木齐拜教授在国内外重要期刊上发表论文二十余篇，对于哈萨克语的研究已经形成特色。他们的研究成果已经引起业内人士的广泛关注。
二、哈萨克文学与中外文化从哈萨克文学的角度挖掘哈萨克文化与中外文化的交流与碰撞，展示哈萨克民族的文化性格、心理结构和审美情趣，从宏观与微观两个角度揭示多种文化的相互沟通、相互影响的复杂过程和深刻表现，是本研究方向的研究特色和价值所在。1991年我院成立了哈萨克文化研究所，新疆唐加勒克研究会也挂靠在我院，以此为中心汇聚了一大批热心哈萨克族文学研究的学者，对于哈萨克族的重要作家作品进行了整理和研究，取得了一批很有价值的科研成果，学术带头人阿吾里汗•哈里教授出版专著四部、马提卡布力教授出版专著三部，吴孝成教授在《民族文学研究》等核心期刊上发表论文多篇。我院的专家学者已经成为哈萨克文化研究的重要组成部分。
基础数学
本专业下设两个研究方向：
一、模糊数学基础 本方向主要研究拓扑与序结构、代数与模糊系统、自然语言识别与处理、形式语言与自动机理论等等。学科带头人汤建钢教授在上述研究领域所取得的成就已经得到学术界的广泛认同。他在国内外学术刊物上发表学术论文50余篇，其中9篇论文进入SCI，19篇论文被美国《数学评论》引用。论文《几种拓扑空间范畴中乘积与上积运算的封闭性》曾获省级优秀学术论文一等奖，博士学位论文《L-fuzzy Sets and Algebraic Methods in Finite Automata: Theory and Some Applications》受到波兰科学院院士Janusz Kacprzyk的好评，被认为是“原创性的工作”，是“波兰科学院系统研究所历史上最好的博士论文之一”。
二、复分析与调和分析 函数空间理论是现代分析中一个非常重要的分支，它在许多方面有着重要的应用，如调和分析，偏微分方程等等。我院该研究方向近5年来有2篇论文进入SCI，2篇进入EI，有7篇论文被美国《数学评论》引用。学科带头人为郭继东教授近几年承担了多项国际交流基金课题及院级研究课题，成果显著。他在核心刊物《数学季刊》、《数学学报》（德国）上发表的论文，受到同行专家的高度评价。
光学
光学硕士研究生点现具有两个研究方向：
（1）数字全息及光学信息处理；
（2）光学方法在凝聚态研究中的应用。这是物理学中最具活力的前沿研究方向之一，既有极为重要的学术意义，又在现代高科技领域有极为广阔的应用前景。相关的研究将填补新疆自治区在该方面空白，也将为在相关的科学研究领域和开发应用中培养优秀人才，并为他们进一步的个人发展打下坚实的基础。这是伊犁师范学院与南京大学共建的《凝聚态物理与材料设计研究所》的重要组成部分，拥有国内一流的实验仪器设备。学术队伍包括教授2人、副教授6人等10余位骨干教师。其中有博士（生）3人，硕士（生）5人。与国内外著名研究机构有广泛与深入的合作。
数字全息及光学信息处理研究方向，具体内容包括：① 数字全息成像视场技术的改进与革新；② 光强包络面数据处理新算法探讨与抽样技术优化。学术带头人张晋鲁教授，物理与电子信息学院院长，伊犁物理学会名誉会长；近年来共主持完成省级以上科研项目5项；在省级以上出版社主编出版著作6部；发表论文40余篇；其中在核心期刊上发表论文10余篇；2000年获伊犁州人民政府科研成果一等奖; 2002年获得自治区人民政府优秀教学成果三等奖；2004年获得自治区人民政府优秀教学成果二等奖；2004年获得自治区人民政府首届高校十大名师奖。
光学方法在凝聚态研究中的应用，具体内容包括：① 光学精密测量方法对凝聚态中三维空间拓扑结构与微结构的精密测量与分析；② 结合低频谱学的光谱学方法对凝聚态物理的研究。学术带头人黄以能教授，物理与电子信息学院副院长、学术委员会主任；全国内耗与超声衰减学术委员会委员；全国材料协会青年工作委员会理事；主持和参加国家973项目、国家自然科学基金10余项。在国内外学术期刊上发表论文90余篇；其中SCI论文60余篇；SCI论文被其它SCI论文引用近200次；其中5篇代表性论文被其它SCI论文引用100多次；曾数次在全国性的学术会议上做大会邀请报告。