华南理工大学应用数学系建立于1958年，是全国首批在工科大学中创办应用数学专业的学校之一。现设有三个本科专业、拥有应用数学（1981年第一批设立的硕士点）、计算数学、运筹学与控制论三个硕士专业。
应用数学系现任系主任是吴敏教授，副系主任是李用声教授、付一平副教授。党总支书记是陈航宇，副总支书记是丁勇。全系有现有在职教工90人，其中教授13人、副教授32人，具有博士学位18人。