中山大学以学科建设为核心，着力于优化学科结构，提升学科水平。近年来，通过“985工程”和“211工程”的持续建设，学校改善了各学科的发展条件，促进了学科间的交叉融合，推动了新兴学科和应用学科的快速发展。
学校还进一步完善了学位授权体系建设。目前中山大学学科门类齐全，现有22个博士学位授权一级学科、32个硕士学位授权一级学科，博士学位授权点涵盖了180个学科专业，硕士学位授权点涵盖了251个学科专业，还有专业学位授权领域30个，博士后科研流动站30个。
学校拥有一批特色和优势明显的学科，现有2个一级学科国家重点学科、23个国家重点学科，6个国家重点（培育）学科，以及11个一级学科广东省重点学科、23个广东省重点学科。
学校学科布局已基本完成，学科框架已基本确立，已形成了并存互长、协调发展的良性学科生态环境。
国家一级重点学科2个：
生物学
工商管理
国家二级重点学科23个：
马克思主义哲学
逻辑学
人类学
思想政治教育
中国古代文学
英语语言文学
中国古代史
中国近现代史
基础数学
凝聚态物理
无机化学
高分子化学与物理
人文地理学
内科学（内分泌与代谢病）
内科学（肾病）
神经病学
外科学（普外）
眼科学
耳鼻咽喉科学
肿瘤学
卫生毒理学
药理学
行政管理
国家重点培育学科6个：
中国哲学
社会学
马克思主义基本原理
光学
地图学与地理信息系统
病原生物学