发酵工程学科是我国重点发展的高新技术――生物工程的重要组成部分，是生物工程技术产业化的关键。70年代以来基因工程、细胞工程、酶工程、生化工程等新技术的发展给发酵工程注入了新的活力，使其为解决人类所面临的食品与营养、健康与环境、资源与能源等重大问题开辟了新的途径。
本学科主要研究利用生物催化剂生产生物技术产品，它与微生物学和生物化工既紧密相关，又有明显区别。主要培养学生掌握发酵工程、酶工程、基因工程、细胞工程、生化工程等方面理论基础，及具备独立从事科研工作的能力。
我院发酵工程学科在利用现代生物技术改革传统发酵食品生产工艺及开发生产新型生物化工产品、功能性食品活性因子及生物药物等方面，已有多年研究工作基础。本学科点现有教授5人，副教授9人，博士、硕士16人，皆承担有省级以上或横向科研课题。目前主要研究方向如下：
1、微生物工程：工业微生物育种及发酵新工艺开发；微生物发酵动力学及发酵过程优化控制；特殊功能微生物资源开发及新型发酵产物研制；
2、酶工程：新酶种的研究及酶新用途的开发；酶、细胞及原生质体固定化；生物传感器；
3、生化工程：生物反应过程及产品分离技术；生物工程技术在环境治理中应用等；
4、细胞工程：细胞、原生质体的融合技术；动植物细胞的大规模培养技术；
5、生物制药工程：微生物制药；基因工程制药；细胞工程制药；酶工程制药；生化药物提取与分离纯化；