研究生部、研究生处是我校的学位与研究生教育的职能部门，从事研究生招生、培养、学籍管理、学位授予、就业、学生思想政治工作、学科建设和导师遴选等日常管理工作。目前研究生部、研究生处设有招生与培养办公室、学科建设办公室、学生管理办公室等工作机构。
经过近百年的办学历程，如今的南京工程学院已成为一所以工学为主的高等工程应用型本科院校，学科专业涵盖工学、经济学、管理学、文学、理学、法学等。2000年以来，学校秉承依托机械、电力、核工业等行业办学的优良传统，遵循高等教育发展规律，着力发展应用型本科教育，不断深化教育教学改革，努力推进产学研相结合，形成了“学以致用”的办学理念和校企合作、产学研相融、注重实践的应用型本科人才培养的鲜明特色。目前，学校已成为国家级机电类人才培养模式创新实验区，省级机械专业人才培养模式创新基地，拥有3个国家级特色专业建设点，省级特色专业（建设点）9个，省级重点建设学科4个，省级优秀学科梯队4个，省级高等学校优秀教学团队1个；主编出版82部国家级规划教材，建成国家级精品教材4部，省部级精品（优秀）教材13部；建成国家级精品课程1门，江苏省精品（优秀）课程（群）11门；获得国家级教学成果一、二等奖5项，省教学成果奖特等奖1项、一、二等奖14项。学校现有19个教育教学单位以及继续教育学院和公有民办二级学院——康尼学院，本科专业40个，专业方向90个。截止2010年9月，学校有全日制在校生2.53万余人，教职员工1689人，其中专任教师1128人、具有高级职称教师399人。
学校现有实验中心33个、各类实验室157个、校内实习（实训）基地16个、实习（实训）室76个、校外实习基地96个。有省级重点建设实验室1个，省级实验教学示范中心5个。以现代化、信息化为主要特征的图书信息中心建筑面积3.85万平方米，纸本图书资源147万册，数字资源量20835GB。建成了覆盖校园的计算机网络系统和信息化管理平台。固定资产总值达到21亿元，教学科研仪器设备总值4.15亿元（含校企共建）。学校占地面积3000亩（含科技产业园区），有方山和竹山路两个校区，校舍建筑面积约80万平方米。其中，位于国家地质公园方山脚下的生态型新校园湖光鹭影，风景如画，四季芬芳。
面对难得的历史机遇，为了培养更高层次的实践型人才，秉承“提升内涵，彰显特色，协调发展，增强实力”的工作方针，南工程人将齐心协力，为早日建成高水平应用型工程大学而努力！