南京水利科学研究院2014年招收攻读硕士学位研究生28人，其中18人为南京水利科学研究院独立培养，10人为南京水利科学研究院与河海大学联合培养（最终以国家正式下达计划为准）。
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国家深化研究生培养机制改革，自2014年起向所有纳入全国研究生招生计划的新入学研究生收取学费。南京水利科学研究院将按照国家和江苏省的规定收取学费（特殊情况者除外），并将完善硕士研究生奖助政策体系，提高奖助力度。有关学费及奖助政策的规定将另行公布。
南京水利科学研究院招收的硕士研究生学制均为3年。