南京航空航天大学自动化学院前身——航空仪表制造、飞机电气设备安装与测试两个专科成立于1952年，发展至今已成为一个在控制科学与工程、电气工程、仪器科学与技术、生物医学工程、武器系统与运用工程等领域具有广泛影响、多学科的教学、科研群体。2000年10月20日新成立的自动化学院是全院教职工经过艰苦奋斗和开拓发展的一个新的里程碑。学院下属四系一所两中心：自动控制系、电气工程系、测试工程系、生物医学工程系、飞行控制研究所以及电子教学中心、电工教学中心。中国工程院院士冯培德教授为我院名誉院长。
学院十分重视学术交流和国际合作。1981年以来，陆续向国外派出访问学者或留学人员160余人，许多留学人员已学成回国，成为科研教学的骨干力量。学院主办过多次国际和国内学术会议，邀请外国专家、教授来校讲学，并且与多所国外大学建立了富有成效的合作关系。
学院现有在校学生3200多人。50多年来，学院已培养一万多名本科生和千名研究生，他们中有的已经成为院士、学科带头人、国内外知名专家，有的成为企业或科研院所的技术骨干，为我国的国民经济与国防建设做出了重要的贡献。