南京航空航天大学民航学院于1993年9月28日由中国民航总局和中国航空工业总公司共同创建成立，是南京航空航天大学以民航为特色的主干学院。民航学院实行董事会管理制，对民航学院的教学和科研进行指导与监督。董事会由中国民航总局人教司、航空公司、机场和空管局等30多家民航企事业单位组成。中共中央政治局常委、国务院副总理李岚清同志为学院题词，并勉励"为发展民航事业培养优秀人才而努力奋斗"。2003年9月28日，民航总局杨元元局长、杨国庆副局长、江苏省吴瑞林副省长等领导出席了民航学院院庆十周年庆典大会，对民航学院的发展给予了充分肯定和高度评价，并表示将继续给予大力支持。
有了全面科学的专业体系和雄厚的学科体系的支撑，学院的人才培养和科学研究取得了令人瞩目的成就。学院坚持以素质教育为基础，做到“科学素养教育”和“人文素养教育”的统一、“理论知识学习”和“实践能力提高”的统一。针对民航行业对空管、机务、适航和飞行等特殊人才的需求，学院开展了3+1、2+2、4+1等人才培养模式，并对飞行学员实施准军事化管理。建院以来，先后向民航系统输送空管、签派、运输管理、机务维护（修）、电子通信和飞行技术等各类专业人才3000余名，毕业生“宽口径、厚基础、高素质、强能力”的特点得到用人单位的广泛好评。一批批毕业生走出校门，成为祖国民航事业的栋梁之才，他们像一颗颗璀璨的明珠装点万里晴空。学院以“学术强院”为指导，以“服务民航”为己任，依助南航大雄厚的科研力量和多学科基础，积极开展各项科研和对外学术交流工作。建院以来，先后承担和完成了“九五”、“十五”国家“211工程”建设项目四项，针对民航安全、空管、航空运输规划与管理、民航信息化建设等国家省部级课题60余项，与民航企事业单位合作课题140余项，获得国家省部级科技进步奖10余项，发表学术论文500多篇，年科研经费达一千余万元，并逐年增加。已经发展成为民航科研实力雄厚、民航科技氛围活跃的我国民航科技进步重要科研基地之一。