第二军医大学人文社会科学部，隶属于政治部。下设哲学、经济学、历史学、法学、伦理学、军德、时事政治等教研室。现有教授6人，副教授9人，硕士学位以上师资占总师资的59％，已形成一支政治思想好、专业素质高、科研能力强、授课技艺精的师资队伍。现有校“特级优秀教员”1人、“A级优秀教员”5人，获得“全军优秀政治理论教员”、“总后优秀教员”、上海市“优秀教育工作者”和军队院校“育才奖”等荣誉的7人。获得总政“优质一堂课”一等奖1次，蝉联总后“优质一堂课”一等奖3届。人文社科部承担着全校本科生至博士生各个层次和专业的马克思主义理论与思想政治教育的培训任务，同时又承担了新时期加强和改进军队卫生人员思想政治建设的研究任务。根据国务院学位委员会学位办学位授权，现有马克思主义基本原理和思想政治教育两个硕士学位授予点，设有研究方向为：马克思主义与中国传统文化；医德建设与医德教育；中国共产党建设史。从2005年开始，三个方向面向军内外招收硕士学位研究生，现有10名在读研究生。