应用数学学院创建于2005年，其前身为长春税务学院应用数学系，长春税务学院应用数学系的前身是长春税务学院基础教学教研部，2009年9月撤系建院。吉林财经大学应用数学学院下设学院办公室、院团委办公室、基础数学教研室和应用数学教研室等四个部门，学院正在积极筹划成立保险精算教研室。
应用数学学院师资队伍雄厚。现有专任教师21人；专任教师中有教授5人（兼职1人）、副教授4人（兼职1人）、讲师10人、助教3人；硕士生导师1人；全国优秀教师1人、校教学名师2人、校主讲教授1人、校中青年骨干教师3人、校青年学俊1人；现有博士和在读博士10人，博士后3人，博士比例50%；专职行政人员2人；比“十五”期间新评教授4人；新评副教授4人；新增博士3人、在读博士8人；教师中硕士比例达到90%，博士比例达到50%。
学院现在数量经济学和管理科学与信息工程硕士学位点分别设有经济最优化及计算机模拟和保险精算与风险管理两个研究方向，拥有省级精品课一门，省级优秀课程四门，校级精品课程二门，校级优秀课程4门，校级优秀教学团队一个，校级重点学科一个，有三部经济数学系列教材在高等教育出版社出版。目前，学院开设数学与应用数学1个本科专业（保险精算方向），共有4个学生班级，在读本科生132人。
近年来，应用数学学院共发表应用数学、数理经济、金融数学等研究论文50余篇，其中6篇SCI、8篇EI检索，重点10篇，核心10篇；共承担14项省厅级科研项目，8项校级科研项目，结项8项省厅级科研教研项目，取得了一批特色突出、在国内外学术界产生了很好影响、具有国内领先或一流水平的研究成果。另外，应用数学学院有一个本科学生班级被评为“长春市十佳班级”、两个班级被评为“长春市文明班级”、一个班级团支部被评为“长春市先进团支部”；有4名学生获得全国数学建模大赛二等奖，1名学生获得全国高等学校企业竞争模拟大赛一等奖。