长春中医药大学药学院是吉林省现代中药和生物制药专门人才培养基地。其前身中药系创建于1980年，学校1959年设中药学专业，1978年恢复长春中医学院建制后开始招收中药学专业本科生。2001年中药系更名为药学院。
学院现有教职工94人，其中教授19人，副教授22人，博士、硕士研究生导师34人。博士、硕士和本科在校生共2314人。设有17个教研室，1个实验教学中心，2个研究所。
近年来，学院秉承学校“启古纳今，厚德精术”的办学理念，突出教学中心地位，坚持以学科建设为龙头，以改革创新为动力。抢抓机遇，乘势而上，不断的树立品牌，打造特色。现有1个一级学科（中药学）博士后科研流动站和博士学位授权点，2个一级学科（中药学、药学）硕士学位授权点和硕士专业学位授权点，9个本科专业和专业方向，其中中药学专业为国家级特色专业，制药工程专业为省级特色专业，中药学“两段双向型”人才培养模式实验区被评为国家级人才培养模式创新实验区。共承担国家“973”、863、自然科学基金、重大新药创制等项目97项，取得省部级以上科研成果53项，32项被应用或转让；教学研究项目22项。主编或副主编全国“十一五”国家级规划教材15部。建有一个省级实验教学示范中心和“七星百草园”生药学实践教学基地、18个实践教学基地。
50余年来培养各级各类药学人才6000余人，绝大多数都已成为药学事业的骨干。近五年毕业生一次性就业率均在95%以上。