农学院是沈阳农业大学主体学院，下设5个系，4个研究室，6个实验室，2个中心，3个基地。即作物栽培与耕作系、作物遗传育种系、生态系、农村区域发展系和应用气象系，稻作研究室、作物栽培生理研究室、作物育种研究室和农业生态研究室，作物生理生态遗传育种实验室、农学基础实验室、栽培与耕作实验室、生态学实验室、农村区域发展实验室和应用气象实验室，白色农业研究开发中心、辽宁省农作物秸秆饲喂反刍家畜配套技术推广中心，水稻原原种基地、旱田教学科研基地、水田教学科研基地。
农学院现有教职工82人，其中教授12人，研究员4人，副教授15人，副研究员7人，高级实验师5人，讲师13人，助研3人，实验师6人，工程师2人，助教4人，助理实验师1人，研究实习员2人，工人8人。全院承担博士研究生、硕士研究生以及本、专科生各类课程100余门。
农学院现有本科生800余人，硕士研究生99人，博士研究生51人，博士后4人，留学生1人。每年为国家培养博士研究生、硕士研究生及本专科生各类专业人才，毕业生分布在全国各地的农业管理部门、科研院所、大专院校、农业企事业单位和农业推广部门，从事管理、科研、教学和推广工作。