北京大学对2009年报考北大研究生的考生提供了相当丰厚的奖学金奖励，最低奖学金即三等奖学金奖励额度为每年10000元。学校设立的学业奖学金参考标准为：基本学习年限为2年的硕士生一等奖学金20700元/年，二等奖学金17100元/年，三等奖学金13500元/年；基本学习年限为3年的硕士生一等奖学金17200元/年，二等奖学金13600元/年，三等奖学金10000元/年。
校方表示，试行研究生培养机制改革后，学校在做了充分的调查研究后决定，除留学生和特别说明的研究生教育项目专业学位研究生以及人事档案不转入学校的研究生外，博士研究生奖学金的覆盖面为招生人数的100%，硕士研究生不低于90%，在支持面和支持力度上超过培养机制改革前，奖学金可以冲抵学费，所以绝大多数新生报到时是不用准备学费的。