2011年10月17日，根据国务院学位委员会《关于批准南京审计学院为审计硕士专业学位授予单位的通知》（学位[2011]71号），南京审计学院喜获审计硕士专业学位（MAud）授予权。
审计硕士专业学位旨在培养具备良好的政治思想素质和职业道德素养，系统掌握现代审计学基本理论及相关领域的知识和技能，具有开阔的国际视野、较强的专业能力、能够创造性地从事审计工作的高层次、应用型审计专门人才。
南京审计学院被列为审计硕士专业学位授予单位，为全面开展研究生教育打下了良好的基础，有利于学校在更高平台上汇聚高水平师资队伍、培养高层次审计专门人才、推动审计学科的成长、更好地服务于中国审计事业和江苏经济社会发展。南京审计学院将根据专业学位研究生教育规律，进一步加强学科建设、师资队伍建设和教育教学改革，创新人才培养模式，做好研究生招生、培养、管理和学位授予等工作，确保学位授予质量。