本所是一个从事古生物学和地层学基础理论研究的专业性研究所，主要从事古无脊椎动物学、古植物与孢粉学、微体古生物学、地层学、沉积学、分子古生物学等基础理论研究，是全国最早获博士学位授予权和最早建立博士后流动站的单位之一。本所现有职工150余人，其中高级职称80余人、院士5人，本所设有3个研究室和一个国家重点实验室。
本所分支学科齐全，科技力量雄厚，技术条件配套，图书资料丰富，学术成果丰硕，国际交往频繁，被誉为国际三大古生物研究中心之一。1998年本所首批进入中国科学院“知识创新工程”试点单位，后又连续进入中科院二、三期创新，继续得到国家和中科院的重点支持。
本所为研究生提供良好的生活、学习和科研条件，并参照固定职工享有“三元工资结构“（助学金+岗位津贴+绩效津贴）。2010年计划招收硕士研究生14名，热忱欢迎有志者报考本所硕士研究生。
本所接受一定数量的推荐免试生，具体办法见：中国科学院南京地质古生物研究所2010年接受推荐免试硕士研究生办法
主要参考书目：
1.《普通地质学简明教程》，杨伦等，中国地质大学出版社
2.《普通地质学》，夏邦栋主编，地质出版社
3.《古生物学》，张永辂等编，地质出版社
4.《古生物地史学概论》，杜远生等，中国地质大学出版社
5. 《地史学教程》，刘本培，地质出版社
6.《普通生物学》，陈阅增，高等教育出版社
7.《生物化学》，沈同等，高等教育出版社
8.《生物进化》，张昀，北京大学出版社
9.《生命的起源与演化—地球历史中的生命》，郝守刚等，高等教育出版社
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