中国科学院南京土壤研究所作为国家首批具有硕士和博士学位授予权的单位之一，目前拥有农业资源利用一级学科博士学位授予点，生态学和环境学二级学科博士学位授予点，拥有土壤学、植物营养学、生态学、环境科学、资源环境与遥感信息、地图学与地理信息系统、水土保持与荒漠化防治7个硕士授予点，并建有1个博士后流动站。下面是该研究所的硕士导师介绍汇总：
| 庄舜尧 | 周凌云 | 赵永存 | 王芳 | 冯有智 |
| 梁音 | 宋静 | 张金波 | 赵玲 | 吴宇澄 |
| 颜廷梅 | 尹睿 | 刘五星 | 许卫锋 | 赵旭 |
| 曾青 | 王建国 | 赵学强 | 刘广明 | 谷成刚 |
| 刘建立 | 赵玉国 | 李慧琳 | 樊建凌 | 马静 |
| 韩勇 | 王辉 | 王玉军 | 王一明 | 李德成 |
| 刘勤 | 夏立忠 | 章海波 | 刘云 | 陈瑞蕊 |
| 薛利红 | 朱安宁 | 仓龙 |