近年来，曲靖师范学院着力加强学科专业建设，积极探索开展硕士研究生联合培养工作。该院分别与云南大学、上海师范大学、云南师范大学、云南民族大学、云南农业大学、辽宁科技大学、上海电力学院等高校签订了联合招收和培养硕士研究生的合作协议。到目前为止，学校已有54名教师被以上高校聘为硕士研究生导师，并与上述高校联合招收和培养研究生共计165名。
由于学校始终把教学工作放在突出地位，重视教学质量的提升，严格按照合作学校的要求培养研究生，联合培养研究生学习成绩优异。据统计，近3年来，学校联合培养研究生就业状态好，实现百分百就业。
联合培养研究生在校学习期间，学校高度重视研究生科学研究能力提升，2014年开始在校级科研项目中专列了研究生项目。学校从课题申报流程、选题、填写课题申请表等各个方面对研究生进行悉心指导。引导研究生认识科学研究的重要性，树立独立进行科学研究的意识。通过科学研究，提升联合培养研究生的科研能力和水平。在导师的悉心指导下，研究生能够按时、按质完成科研任务，24名同学在期刊发表了63篇研究成果。此外，在合作学校组织的论文答辩中，所有研究生都顺利通过，取得了良好成绩。