1955年，胡曲园先生等着手筹建哲学系，确定了培养“哲学家”的目标，并招收了首届哲学研究生班。1956年，复旦大学哲学系正式建立，迎来了第一批五年制本科生，成为建国后国内最早建立的哲学系之一。1957年至1959年，哲学系先后建立起辩证唯物主义和历史唯物主义、中外哲学史、自然辩证法、逻辑学四大教研室；1959年开始招收外国留学生；1960年开始招收硕士研究生。1961年，哲学系在国内高校率先开展了现代西方哲学思潮的教学与研究工作。1964年，根据毛泽东主席关于要研究宗教的指示精神，在国内高校最早开设了关于世界三大宗教的选修课程。
建系之初，哲学系除了以本系教师为主开展教学与科研之外，还专门邀请校内很多名家来哲学系讲学，包括周谷城、周予同、苏步青、刘大杰、蔡尚思、谈家桢、谷超豪、蒋学模等。
1966年至1976年“文革”期间，哲学系的教学和科研工作受到巨大冲击，招生工作一度被迫停止，至1971年才恢复。庆幸的是，哲学系的总体工作在此期间并未中断，1973年还建立了自然辩证法专业，教师队伍也没有散掉，仍保持了一定的规模，这为后来复旦哲学事业的持续和进一步发展提供了条件。
1977年，全国恢复高考，哲学系招收本科生工作即步入正轨；1978年，恢复研究生招生工作。1979年，成立现代西方哲学研究室，相继开设相关课程，同时该领域的研究也迈上新的台阶。1980年，恢复招收留学生。1982年，经国务院学位委员会批准，先后建立外国哲学、马克思主义哲学与中国哲学三个博士点，成为新中国建立后国内高校培养文科博士的第一批系科之一。
1983年，成立国外马克思主义研究室，1984年成立科技哲学研究室，1985年成立宗教学研究室。1986年，整合上述研究室成立现代哲学研究所，刘放桐教授担任第一任所长。同年建立了社会学本科专业（1988年独立成系）。80年代末90年代初，哲学系坚持发展哲学学科，改革哲学专业学生的课程体系，完善、充实各哲学二级学科课程，为全校学生开设了更多的哲学类课程，获得了国家级教学成果奖。1994年，哲学系被评为全国人文学科人才培养和科学研究基地，成为得到国家重点扶持的第一批文科基地之一。同年，依托哲学系力量成立了复旦大学人文学院应用伦理学研究中心（2001年与原上海医科大学生命医学伦理学研究中心合并，成立复旦大学应用伦理学研究中心）。
1995年，以复旦大学建校90周年为契机，哲学系跨入快速发展的新阶段。当时的系领导提出了“以改革开放的大思路，促进哲学系的大发展”的理念，确立了新时期的发展目标。当年，外国哲学学科被评为上海市重点学科，并被列入教育部“211”工程。1999年设立宗教学本科生专业。同年，以哲学系为主干力量，成立复旦大学当代国外马克思主义研究中心；2000年，该中心被评为教育部人文社会科学重点研究基地；2005年，以该中心为核心成立了复旦大学当代国外马克思主义与国外思潮创新研究基地。2000年，成立复旦大学科学技术与社会发展研究中心。
同年，哲学系通过教育部哲学一级学科评审。2002年，马克思主义哲学、外国哲学被评为国家重点学科。在人才培养方面，1998年，成立国内最早的哲学博士后流动站并开始招收博士后研究人员。1998年、2001年、2003年，科学技术哲学、宗教学、伦理学先后建立博士点。2001年，成立宗教研究所。2004年，新增经济哲学、比较哲学和西方马克思主义博士点。在科学研究方面，自90年代末，哲学系的科研成果数、科研项目数与获奖数在全校文科各系一直居于前列。另外，还创办了《当代国外马克思主义评论》、《复旦哲学评论》、《基督教学术》等学术刊物。