以下是上海交通大学2013年硕士研究生招生专业目录：
| 船舶海洋与建筑工程学院 | 机械与动力工程学院 | 电子信息与电气工程学院 | 信息安全工程学院 |
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| 人文学院 | 科学史与科学文化研究院 | 化学化工学院 | 安泰经济与管理学院 |
| 国际与公共事务学院 | 外国语学院 | 农业与生物学院 | 环境科学与工程学院 |
| 药学院 | 凯原法学院 | 媒体与设计学院 | 微电子学院 |
| 马克思主义学院 | 体育系 | 微纳科学技术研究院 | 高等教育研究院 |
| 中美物流研究院 | 国际教育学院 | 密西根学院 | 上海高级金融学院 |
| 航空航天学院 | 系统生物医学研究院 | 人文艺术研究院 | 精神卫生中心 |
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