武汉音乐学院音乐学系建立于1986年。是国内九所音乐学院中建立较早的音乐学专业。其前身，可上溯至1956年成立的中南音专“民族音乐研究室”和成立于1978的湖北艺术学院“音乐研究所”。1984年，音乐研究所开始招收民族音乐理论方向硕士研究生。1985年，经湖北省教委批准，音乐研究所开始招收音乐学·戏曲音乐专修班学生。1986年，音乐学系正式成立，开始招收三年制专科生。1989年，开始招收四年制本科生。自1990年起，开始招收五年制本科生至今。2003年，音乐学专业的“民族音乐概论”被湖北省教育厅评定为省级精品课程。2008年，“中国音乐史”也进入省级精品课程行列。2009年2月，湖北省教育厅批准音乐学系“音乐学理论”为湖北省高等学校第二批品牌专业。2009年9月，国家教育部批准“音乐学理论”为第四批国家级高校特色专业。
多年来，本专业以中国民族音乐理论的教学与研究为学术传统，在音乐形态研究的基础之上，不断与其他人文社会科学乃至自然科学结合，开拓出新的研究方向和新的研究领域。从音乐学各分支学科的情况来看，首先得到发展的是民族音乐学、音乐史学、音乐美学等学科领域。这也是本专业学术实力最强，科研成果最具影响的传统学科。自1990年代以来，又在音乐考古学、音乐传播学、音乐编辑学、音乐声学、音乐文献学等方向有所拓展。这些领域，均在国内音乐学科的发展中居于前沿地位。从而形成一个开放、交叉的学科发展态势。半个多世纪以来，本专业先后出现了杨匡民、孟文涛、童忠良、刘正维、史新民、郑荣达、丁承运等在国内外享有较高学术声誉的老一辈学者，也有汪申申、蔡际洲、田可文、周耘、李幼平、宋祥瑞、王洪军、胡军、孙凡、孙晓辉等一批卓有影响的中青年专家。
在人才培养方面，本专业按照“宽口径、厚基础、创新型”的培养模式，通过五年的本科教学，使学生成为在各类学校、文艺团体、科研机构、新闻出版、广播影视和政府机关等部门从事音乐理论教学、研究、编辑、评论和管理等工作的德才兼备的专门人才。多年来，我们培养的不少学生已成为上述各部门的骨干力量。本专业学生的科研成果和工作能力，亦得到学术界的高度重视和广泛好评。其中有不少学位论文，或在国内权威期刊《中国音乐学》、《音乐研究》和核心期刊《黄钟》发表；或在全国、全省性评奖中荣获一等奖、二等奖。
近四年来，全系教师（19人）在教学与科研方面硕果累累。发表论文138篇，出版专著、教材37部。教学研究获奖11人次，其中国家级一等奖2人，二等奖2人；省级一等奖2人，二等奖4人。承担科研项目28个，其中国家级（20人次）13个；省级15个。科研成果获奖5人次，其中国家级2人，省级3人。本专业教师多次应邀出席学术会议和举行学术讲座。其示范与辐射作用，不仅表现在武汉地区及中南地区的影响，而且还遍及大陆的著名高校、港台地区和美国、英国、日本、韩国等地。
经过多年来的努力探索，本专业在学科建设上已经形成一套较完整的教学科研体系和一支结构较合理的学术梯队。我们长年坚持“立足湖北、辐射华中、面向全国、走向世界”的发展战略。一方面，我们将学科的根基置于丰厚的荆楚传统音乐；另一方面，我们又将目光向整个世界音乐延伸。同时，我们还履行音乐学的社会功能和文化职责，将音乐学知识回馈给社会，为祖国的音乐文化建设做出贡献。