福建工程学院土木工程学院成立于2012年9月，其前身是成立于1908年的土木科（高工），是我省最早培养土木工程人才的学科，为海峡两岸输送了大批建筑行业的精英和骨干，被誉为福建“建筑业的黄埔军校”。美国国家工程院院士（国际随机结构动力学理论创始人）林幼堃、台湾大学卢衍琪教授、全国侨联主席林兆枢、原福建省政协主席游德馨、现任福建省住房和城乡建设厅龚友群厅长等就是本学院培养的杰出代表。
学院下设结构教研室、施工教研室、岩土教研室、交通教研室、力学教研室、制图教研室、岩土工程研究所、土木工程技术与安全研究所、防灾减灾工程研究所和土木工程综合实践中心等教学科研机构。其中土木工程综合实践中心设有结构实验室、岩土实验室、施工实验室、力学实验室、建材实验室、土工实验室、交通实验室、勘查实验室等9个实验室。
学院现有教职员工102人，其中研究生导师15人，教授10人，副教授（高工）37人，博士27人；拥有闽江学者特聘教授2人、闽江学者讲座教授1人、享受国务院政府特殊津贴专家 2人、全国优秀教师1人、福建省高校教学名师 2人、国家教育部新世纪优秀人才计划1人、福建省百千万人才工程人选1人、铁道部茅以升科技奖获得者1人、福建省高等学校新世纪优秀人才1人、福建省高校杰出青年科研人才2人，同时还有多位教师担任全国和省级学会副理事长、常务理事、理事等职务。
目前，学院拥有“土木工程”一级学科、“结构工程”和“岩土工程”二级学科等3个省级重点学科，以及“土木工程”一级学科硕士学位授予权；拥有省重点实验室“福建省土木工程新技术与信息化重点实验室”、省级工程研究中心“福建省高校闽台合作土木工程技术工程研究中心”、省级科技创新团队“现代土木工程技术与信息化”与省级实验教学示范中心“土木工程实验中心”。
学院土木工程学科经过多年建设，目前已形成了“岩土与地下工程新技术”、“现代施工技术与信息化”、“桥梁与结构工程”和“工程抗灾与控制技术”等四个稳定的学科方向，各学科方向长期承担高水平的研究项目，研究经费充足，科研水平均处于省内先进行列，部分研究成果达国内先进水平。
本学科注重将科研成果应用于工程实践，为地方经济建设服务，取得显著的社会效益和经济效益，受到行业的好评；具备了良好的研究生教学与科研环境，注重将科研工作与研究生培养相结合。本学科已成为福建省土木工程专业人才培养和科学研究的重要基地。
2014年学院土木工程一级学科拟招收硕士研究生40名。