复旦大学税务硕士专业学位旨在适应我国现代税务事业发展对税务专门人才的迫切需求，面向税务机关、企业、中介机构及司法部门等相关职业，培养具备良好的政治思想素质和职业道德素养，系统掌握税收理论与政策、税收制度、税务管理以及相关领域的知识和技能，充分了解税务稽查、税务筹划以及税务代理等高级税收实务并熟练掌握其分析方法与操作技能，具有解决实际涉税问题能力的高层次、应用型专门人才。现有企业税务和税务管理两个研究方向，学制二年。
开设税收理论与政策、中国税制专题、国际税收专题、税务管理专题、税务筹划专题、财务报表分析、公共管理、数量分析方法等专业必修课和选修课，特别注重通过案例分析、模拟训练等多种方式培养学生解决实际问题的能力，注重与注册会计师、注册税务师等相关从业资格考试的衔接。学生修满规定的36个学分、完成专业实习并通过学位论文答辩，经校学位评定委员会审核，授予税务硕士专业学位。