吉林艺术学院音乐学院音乐学系成立于1978年，前身为吉林艺术学院音乐学教研室。吉林艺术学院音乐学理论事业秉承了老一辈音乐学家王恩显、吕金藻、韩冈觉、万树林、张弼教授“学养深厚，严谨治学，学贯中西，兼容并蓄”的优良传统，经过近50年的发展，音乐学系已成为国内享有盛誉的音乐理论教育的人才培养基地。
目前，音乐学系在学科建设上已形成了一套相对科学完备的教学体系，拥有雄厚的师资力量。1994年，国务院学位委员会批准吉林艺术学院音乐学专业为硕士学位授权点。音乐学专业先后被评为“国家级特色专业”、“省级特色学科”、“省级重点学科”。音乐学专业设置、课程结构、师资队伍、学术研究、人才培养等方面，处在全国该学科建设发展的前列，已成为国内音乐学专业教学、科研、人才储备的重要基地。音乐学专业涵盖了音乐史学、音乐美学、音乐心理学、音乐社会学、民族音乐专业方向，形成了以本科教育、硕士教育为主的办学层次。现有在读研究生、本科生共30人。现任教师12人，教授、副教授共8人，硕士生导师7人；具有博士、硕士学历的教师占教师总数的85%；聘请国内外客座教授、兼职教授20余人。承担国家级、省级科研课题数十项，发表国家级、省级科研论文百余篇。建系以来，音乐学专业为社会培养了众多的音乐理论研究和管理型人才，他们是当代中国音乐事业发展中的骨干力量与生力军。
音乐学系在注重学术研究、理论教学的同时，与海内外一流院校开展广泛的交流与合作，为专业教师提供可持续发展的学术研究和理论创新的国际化平台，为有远大理想的音乐学子提供成长、深造、成才的广阔空间。音乐学系正致力于弘扬吉林艺术学院“博学、求真、至善、尽美”优良教育传统，在学院创建一流大学的征途中，开拓我国现代音乐艺术教育的崭新未来。