本学科于2001年获得硕士学位授予权。现有教授5名，其中教育部长江学者特聘教授1名，国家杰出青年基金获得者1名，另有副教授5名。拥有北京市生物加工过程重点实验室。在生物催化技术、微生物发酵平台技术、生物材料及生化分离技术等研究领域有较高水平。近年在环境生物技术及新型生物能源上有较大突破。本学科和食品、医药、材料和环境及能源等多学科交叉。近5年先后承担国家863及攻关项目、国家自然科学基金项目及省部级项目30多项，获国家技术发明二等奖1项，省部级一等奖3项，二等奖3项。
一、培养目标
本专业培养从事生物化工领域、医药生物技术、轻化工生物技术等领域中研究开发、技术集成的高级人才。本专业研究生应掌握现代生物技术（包括基因工程、细胞工程）及发酵工程（包括微生物发酵工程、微藻培养技术、酶工程等）的基本原理，特别培养独立从事细胞发酵（培养）的基本实验技能、科研工作能力和新产品开发的能力及相关的专业外语阅读和口语能力。了解能源生物技术、新材料生物技术、环境生物技术、医药生物技术等新兴生物发酵领域的研究发展方向。
二、研究方向
1、微生物发酵工程
包括菌种选育、生物反应器优化、流加技术、发酵过程控制
2、代谢调控
包括代谢工程、分子定向进化
3、发酵产品分离技术
包括新型生化分离技术、亲和分离技术、膜分离技术、层析分离技术；
4、基因工程
包括高效表达方法和体系、酶的基因表达
5、细胞工程
包括微藻培养技术、动植物细胞培养
6、发酵过程新产品
包括生物方法生产生能源、生物材料、功能性食品添加剂等。
三、知识域要求
学生可根据自己的兴趣选择下列一组或两组学科群：1、微生物发酵领域学生应具有：生物化学、微生物学、分子生物学、生物反应器、微机控制等专业知识；2、基因工程领域的学生应具备的知识：微生物学、分子生物学、基因调控、生物化学；3、选择分离技术领域的学生应具备的知识：化工原理、生物分离工程、分析化学、色谱；4、发酵过程新产品应具有：发酵工程，新能源、高分子材料、生物材料、食品添加剂、微生物学等专业知识。