东南大学自动化学院设有控制科学与工程一级学科博士点，在2002年举行的全国部分一级学科评估中，“控制科学与工程”在全国排名第5，处于比较领先的位置，在国内控制科学界具有较高的学术地位和较大的影响。一级学科下设：控制理论与控制工程、模式识别与智能系统、检测技术与自动化装置三个二级学科博士点和硕士点，此外还和电气工程系共同设有电力电子与电力传动博士点。查字典查字典考研网对东南大学自动化学院硕士导师介绍已做整理，现汇总如下：
| 翟军勇 | 符影杰 | 孙长银 | 张侃健 | 费树岷 |
| 黄东 | 柴琳 | 田玉平 | 陈从颜 | 余星火 |
| 谈英姿 | 夏良正 | 戴先中 | 李久贤 | 房芳 |
| 姜昌金 | 余玲玲 | 蒋珉 | 达飞鹏 | 严洪森 |
| 汪峥 | 周俊 | 曹鸣 | 王勤 | 李奇 |
| 李新德 | 孟正大 | 郭雷 | 戴义保 | 宋文忠 |
| 吴介一 | 张凯锋 | 赵霁 | 盖绍彦 | 刘京南 |
| 魏海坤 | 李世华 | 周杏鹏 | 曹进德 | 叶桦 |
| 路小波 | 陈夕松 | 邵家玉 | 袁晓辉 | 马旭东 |