东南大学计算机科学与工程学院的前身是东南大学计算机科学与工程系。学院拥有一支以院士1人、博导13人、教授25人为核心的结构合理、精干的学术队伍。这支队伍中有长江学者1人，国家杰出青年基金获得者1人,教育部跨世纪、新世纪优秀人才5人，教育部青年骨干教师4人，江苏省跨世纪学术带头人2人，江苏省“333”人才6人，江苏省优秀青年骨干教师3人，江苏省优秀教育工作者1人，整体实力强。查字典查字典考研网对东南大学计算机科学与工程学院硕士导师介绍已做整理，现汇总如下：
| 戚晓芳 | 陶军 | 沈卓炜 | 金远平 | 陈汉武 | 程光 |
| 翟玉庆 | 汪芸 | 倪巍伟 | 蒋嶷川 | 李必信 | 曹争 |
| 周晓宇 | 吴国新 | 罗军舟 | 董永强 | 高志强 | 王红兵 |
| 张志政 | 徐立臻 | 吕建华 | 曹玖新 | 杨全胜 | 曹玖新 |
| 鲍旭东 | 徐造林 | 李伟 | 王红兵 | 龚俭 | 吴国新 |
| 罗立民 | 宋爱波 | 李小平 | 漆桂林 | 丁伟 | 陈汉武 |