东南大学物理系现有“凝聚态物理”博士点、“物理学”一级学科硕士点、及“课程与教学论”硕士点，并且与我校相关学院合作共建“材料物理与化学”、“光学工程”、“生物物理学”等学科。该系每年招收博士研究生10余人、硕士研究生30余人。查字典查字典考研网对东南大学物理系硕士导师介绍已做整理，现汇总如下：
| 解希顺 | 夏柱红 | 倪振华 | 徐庆宇 | 李旗 |
| 洪昆权 | 陈艺文 | 侯净敏 | 蒋维洲 | 施智祥 |
| 姚晓燕 | 庞侯荣 | 董帅 | 邱腾 | 翟亚 |
| 唐雁坤 | 吴桂平 | 薛鹏 | 汪军 | 杨永宏 |
| 董正高 | 杨文星 | 吕准 | 王金兰 | 徐明祥 |
| 周海清 | 范吉阳 | 崔铁军 |